اجتمع العرب تحت مظلة شيخ قبيلة القواسمة الشيخ عبد الله جماع، وزعيم الفونج عمارة دُنقس، وكونوا جيشًا موحدًا انطلق نحو سوبا عاصمة مملكة علوة، ودخلوا في أَرْبجي، في طريقهم إلى سوبا، في معركة فاصلة مع جيش النوبة انتهت بالقضاء على ذلك الجيش، وإنهاء مملكة النوبة، وخراب العاصمة. وبعد ذلك تولى عمارة دُنقس المُلك، وأصبح عبد الله جماع وزيره. وكان هناك اتفاق على أن يكون المُلك في عمارة وأبنائه، وأن تصبح الوزارة في يد الشيخ عبد الله جماع وذريته. وأقام عمارة في عاصمته التي خطها وهي سنار، وظل عبد الله جماع في قصبته التي هي في بلدة قرشي بالقرب من الخرطوم. وفي هذه الفترة خرجت السلطنة الزرقاء إلى الوجود في الأراضي السودانية كما عرفت أيضًا بسلطنة الفونج ومملكة الفونج وذلك في سنة 910هـ، 1504م.
مملكة الفونج (910-1236هـ، 1504-1820م) . هي أول مملكة إسلامية ظهرت في السودان، وقد دانت لها أكثر القبائل العربية المنتشرة بين سنار إلى منطقة دنقلا. ودانت لها قبائل البجة بشرقي السودان من مملكة بني عامر الممتدة حتى مصوع جنوبًا إلى البشاريين شمالًا حتى الحدود الشمالية مع مصر. وكانت هذه المملكة المسلمة اتحادًا لممالك القبائل المختلفة الذين كانوا يدينون بالطاعة لسلطان الفونج.
وفي العصور التي كان فيها السلطان الفونجي قويًا استطاع أن يوسع رقعة بلاده لتشمل كردفان أيضًا، كما أنها في أوقات ضعفها خسرت مملكة الشايقية الذين خرجوا عن طاعتها. ودخلت مملكة الفونج في حربين مع الحبشة؛ الأولى في عام 1028 - 1029هـ، 1618 - 1619م، والثانية في سنة 1157هـ، 1744م، وذلك بسبب محاولات الحبشة الاعتداء على الأراضي الفونجية. وتمكن ملوك السلطنة الزرقاء من هزيمة الأحباش في تلك الحروب.