بإحالة أعضاء الجماعات الإسلامية إلى المحاكم العسكرية!! ولم يطالب الدولة مرة ـ ذرًا للرماد - أن تلغي قانون الطوارئ .. كما لم يطالب الدولة صراحة بتطبيق الشريعة الإسلامية وقت أن كان مفتيًا إلى أن صار شيخًا للأزهر!!

في عام 1995 عندما كان مفتيًا قام بزيارة إلى أمريكا بمصاحبة القس (صموئيل حبيب) رئيس الطائفة الإنجيلية .. وتم حصوله على الدكتوراه الفخرية من جامعة (وستمنستر) بولاية بنسلفانيا!! وقابل الفتي المدلل لليهود آل جور نائب الرئيس الأمريكي بيل كلنتون والذي لا يخفي تعصبه لصالحهم ضد العرب والمسلمين!!

أما أهم فتاويه فهي اباحته للربا وهي الخاصة بشهادات الإستثمار وصناديق التوفير حيث أفتى بأن المعاملات فيها جائزة شرعًا .. ورد عليه كثير من علماء الإسلام وخاصة الدكتور علي السالوس في كتابه (حكم ودائع البنوك وشهادات الإستثمار في الفقه الإسلامي) !!

وفي كارثة الخليج 1990 كان بوق النظام الرسمي مع شيخ الأزهر جاد الحق .. وقد كان في صف الكويت والسعودية حسب الدور المرسوم له من الدولة!! بل إنه ذهب بنفسه إلى السعودية لزيارة القوات المصرية في حفر الباطن!! وأيد الإستعانة بقوات أجنبية وقال بجواز ذلك شرعًا!!

وفي المقابل كانت هناك مواقف تستحق الإشادة والذكر لعلماء المؤسسة الدينية الرسمية .. من أمثال:

شيخ الأزهر شمس الدين الإنبابي (1882 - 1882) .. ثم اختير (1885 - 1896) .. أفتى بأن الخديوي توفيق لا يصلح أن يكون حاكمًا لمصر بعد أن باعها للإنجليز .. وله مواقف طيبة أخرى.