أكبر خمس جزر هي إيزابلا (البيمارلي) ، وسانتا كروز (إندفاتيجابل) ، وسان كريستوبال (تشاثام) ، وفيرناندينا (ناربوره) ، وسان سلفادور (جيمس) . وفي عام 1942م سمحت الإكوادور لجنود الولايات المتحدة الأمريكية أن ينشئوا قاعدة على هذه الجزر لحراسة قناة بنما. وقد أعادت الولايات المتحدة هذه القاعدة للإكوادور عام 1946م، بعد انتهاء الحرب العالمية الثانية. أنشأت حكومة الإكوادور متنزه جلاباجوس الوطني عام 1959م لحماية البيئة هناك. كما أنشأت محمية جلاباجوس البحرية عام 1998م لحماية الحيوانات البحرية. تأثر بعض العاملين في صناعة صيد الأسماك بقيام المحمية، وانتهكوا القوانين التي تحمي الحيوانات البحرية بالمنطقة.