ولم يقدَّر للجيوش الملكية أن توحد صفوفها أبدًا. فقد اعترضت طريق جيش إيرل نيوكاسل الملكي في إنجليا الشرقية بوساطة القوات البرلمانية المعروفة باسم الرابطة الشرقية تحت قيادة إيرل مانشستر. واستولى جيش هوبتون على بريستول، لكنه لم يستطع فعل أكثر من ذلك. وحاصر تشارلز جلوستر لبعض الوقت، وبعد ذلك خسر معركة نيوبري الأولى في 20 سبتمبر 1643م.
وفي عام 1644م هَزَمت القوات الملكية وولر عند كروبريدي بريدج بالقرب من بامبري في أكسفورد شاير (29 يونيو) . بيد أن الأسكتلنديين كانوا قد حصروا الملكيين بقيادة إيرل نيوكاسل في يورك. وانضمت قوات الأخوين فيرفاكس وقوات الرابطة الشرقية، تحت إمرة أوليفر كرومول إلى قوات الحصار. وطلب تشارلز من الأمير روبرت نجدة يورك. وفي الثاني من يوليو قاتل الملكيون البرلمانيين والأسكتلنديين، على الرغم من أن الأخيرين كانوا يفوقونهم عددًا بنسبة 3 إلى 2، في مارستون مور. وخسروا واحدة من أكثر معارك الحرب دموية.
قاد إيرل إسكس جيشًا برلمانيًا إلى كورنوول، لكنه وقع في مصيدة عند لوستويثيل، فهرب في قارب، تاركًا معظم قواته لتستسلم. وسار إيرل مانشستر جنوبًا؛ لكن جيشًا ملكيًا أصغر من جيشه بكثير تفوق عليه بمهارة. وانتصر تشارلز في معركة نيوبري الثانية (27 أكتوبر) .
مونتروز. أدى الشعور غير الطيب والمزمن بين الأسكتلنديين والإنجليز إلى خلافات لاحد لها، ولم يتقدم الأسكتلنديون جنوبًا أبعد من نوارك. وبعد ذلك تعين عليهم إرسال جزء كبير من جيشهم إلى الشمال مرة أخرى للتعامل مع الماركيز مونتروز، الذي أقنع مجموعات قبائل الهايلاند باسم الملك بالثورة ضد الحكومة الأسكتلندية في سبتمبر عام 1644م، وبعدها قاد حرب عصابات استطاع من خلالها احتلال جلاسجو في أغسطس 1645م. لكنه انهزم عند فلفوج في 13 سبتمبر 1645م، وتشتت جيشه وهرب هو إلى خارج البلاد.