وفي أغسطس احتل الجيش لندن وأقصى مناوئيه الرئيسيين من البرلمان. وحاول كرومول إقناع تشارلز بالقبول بمشروع تسوية سميت المقترحات قدمت تنازلات لكلا الطرفين. لكن تشارلز فرّ في نوفمبر وتحصن في قلعة كاريسبروك في جزيرة وايت، حيث طلب من النبلاء الأسكتلنديين المنشقين مساعدته. ونشبت الحرب مرة أخرى في صيف 1648م لكنها انتهت سريعًا. فقد تمكن كرومول من إلحاق هزيمة نكراء بالأسكتلنديين الغازين عند بريستون (17 أغسطس) ، وأخمد الجيش ثورات الملكيين في الأماكن الأخرى.
يعتقد الكثير من الناس أن الملك شخصيًا يتحمل مسؤولية نشوب الحرب الأهلية الثانية هذه، وطالب الجيش المنتصر بمعاقبته. وفي ديسمبر، قام الجيش باحتلال لندن مرة أخرى، وقام الكولونيل توماس برايد باستبعاد كل الأعضاء البرلمانيين الذين كانوا يفضلون المفاوضات (تطهير برايد، 6ديسمبر) .
وتمت محاكمة تشارلز أمام محكمة خاصة في يناير عام 1649م. وأدين بالخيانة العظمى ضد شعب إنجلترا والدستور وأُعدم في 30 يناير عام 1649م.
الكومنولث. أصبحت إنجلترا جمهورية سميت بالكومنولث وأُلغيت الملكية ومجلس اللوردات. لكن أحدًا لم يتقدم ليحل محل بقية مجلس العموم القديم، الذي تم تقليص عدده من 500 إلى أقل من 150 عضوًا. واعترض الداعون إلى المساواة (الليفلرز) على الحكومة الجديدة، لكنهم قمعوا بحزم. وقاد كرومول الجيش ضد أيرلندا عام 1649م وقضى في النهاية على التمرد الذي كان قد بدأ عام 1641م. وعامل رجاله الأيرلنديين بوحشية شديدة.