أدان الأسكتلنديون بشدة إعدام الملك مشيرين إلى أنه كان ملكًا على أسكتلندا أيضًا. واعترفوا بابنه تشارلز الثاني ودعوه إلى أدنبرة. وغزا كرومول أسكتلندا في يوليو عام 1650م وهزم الأسكتلنديين عند دنبار، بالقرب من أدنبرة (3 سبتمبر) . وعاد مونتروز ليساند تشارلز الصغير، لكنه هُزم وأعدم. وفي الصيف التالي قاد تشارلز الثاني بنفسه آخر غزو أسكتلندي لإنجلترا، فهزمه كرومول عند ووستر (3 سبتمبر عام 1651م) . وبعد أسابيع من التخفي هرب الملك إلى فرنسا، وخضعت أسكتلندا لحكم عسكري، وانتهت بذلك الحرب الأهلية الإنجليزية.
حكومة الوصاية (الحماية) على الرغم من الانتصارات العسكرية، فإن الكومنولث عجز عن كسب ولاء الشعب الإنجليزي واحترامه. وفي عام 1653م قام كرومول بانقلاب عسكري، وحل بقية البرلمان وحكم البلاد وصيًا. وخلفه ابنه ريتشارد عام 1658م، لكنه أزيل في انقلاب آخر. واختلف قادة هذا الانقلاب فيما بينهم.
في يناير عام 1660م استعاد جورج مونك النظام في نهاية الأمر. واستدعى بقية البرلمانيين الذين كانوا قد استبعدوا في 1648م. وحل البرلمان نفسه في الحال، داعيًا إلى انتخابات عامة في أبريل. وقام البرلمان الجديد في الحال باستدعاء تشارلز الثاني من المنفى.
نتائج الحرب
بدت إعادة الملكية وكأنها إرجاع لعقارب الساعة إلى 1641م. فقد استعاد البرلمان السيادة للكنيسة الإنجليزية وفرض توحيدًا مذهبيًا دينيًا كاملًا عن طريق التشريع. وصار تشارلز الثاني المسيطر على الجيش يعين الوزراء دون أي استشارة للبرلمان. وتم تعزيز الحق المقدس للملوك.