يشبه الهيكل العظمي في الخفاش ذلك الموجود في الثدييات. وكما هو في الثدييات، فإن الخفاش له أيد ذات أصابع وأقدام ذات أصابع أيضًا. ويختلف معدل التنفس وضربات القلب ودرجة حرارة الجسم في الخفاش كثيرًا عما هو في الثدييات الأخرى. هذا الاختلاف يرجع إلى درجة نشاط الخفاش، وإلى درجة حرارة البيئة المحيطة به. وفي بعض الأنواع، فإن درجة حرارة الجسم أثناء فترة الراحة تساوي تقريبًا درجة حرارة البيئة التي يعيش فيها الخفاش.
الرأس. يختلف الوجه والرأس كثيرًا بين الأنواع المختلفة من الخفافيش. ففي بعض الخفافيش، يأخذ الرأس شكل الدب الصغير أو الكلب. وفي البعض الآخر، يكون الوجه مفلطحًا. وفي بعض الأنواع، توجد ثنيات من الجلد موجودة على الأنف. لذلك يُطلق عليها الأنف الورقي، هذا الأنف يشابه إلى حد كبير رأس الحربة أو السيف. وحاسة الشم في الخفافيش جيدة تساعدها في إيجاد طعامها ومأواها.
معظم الخفافيش لها أسنان صغيرة وحادة تساعد على تقطيع الطعام. وتهضم الخفافيش الطعام بسرعة كبيرة بالمقارنة بالثدييات الأخرى. هذا الهضم السريع يساعد الخفاش على تجنب الوزن الزائد أثناء الطيران.
الأجنحة والأرجل. تقوم أيدي الخفاش مقام جناحيه، وتدعم أصابعه الطويلة جلد الأجنحة المرن. والذراع العلوي والأمامي والأصبع الثاني والثالث عبارة عن الحافة الأمامية للجناح. أما الأصبع الرابع والخامس فهما دعامة مساعدة للجناح وتمتد الحافة الداخلية من الجناح لأسفل بجانب الجسم وعلى طول الأرجل حتى الكاحل والقدم.
يختلف طول أجنحة الخفاش من نوع إلى آخر. فأنواع الخفافيش الخفيفة الحركة تمتاز بأجنحتها الطويلة الضيقة. بعض الأنواع التي ترفرف أو تحوم في مكان واحد تكون أجنحتها قصيرة وعريضة. ومعيار القياس لحجم الخفاش يعبَّر عنه بطول الذراع الأمامي. وتستطيع بعض أنواع الخفافيش الطيران بسرعة 24كم/س ولكن معظمها يقطع مسافة 8 - 13 كم/س.