وتساعد أنواع مختلفة من البكتيريا التي تعيش على الجلد والغشاء المخاطي على منع العدوى بالأمراض الفُطرية، كما أن استخدام بعض المضادات الحيوية لمعالجة العدوى البكتيرية يؤدي أحيانا إلى إهلاك بكتيريا الجسم النافعة أيضا، وفي مثل هذه الحالات قد تحدث عَدْوى فُطرية. وعلى أية حال، يستطيع الأطباء معالجة كثير من عدوى الفُطر بالمضادات الحيوية.