نزح آل خليفة وآل صباح والجلاهمة وغيرهم من موطنهم الأصلي في الهدار في منطقة الأفلاج في جنوبي نجد وتوجهوا صوب مناطق الخليج العربي الساحلية مثل قطر فالكويت والبحرين. وكان آل خليفة بزعامة شيخهم محمد آل خليفة قد غادروا الكويت بعد خلاف نشب بينهم وبين أبناء عمومتهم آل صباح، واتجهوا صوب جزر البحرين في الخليج، لكن حكام جزر البحرين وقتذاك وهم من آل مذكور من قبيلة المطاريش لم يسمحوا لآل خليفة بالنزول في البحرين والاستقرار فيها، مما اضطرهم إلى التوجه صوب موقع بلدة الزبارة في قطر، فنزلوا فيها عام 1179هـ، 1765م تحت قيادة شيخهم محمد بن خليفة الذي أسس الزبارة وكان يتصف بالورع والتقوى ورجاحة العقل؛ مما أعجب أهالي الزبارة في قطر فأمّروه عليهم، فأحسن معاملة الجميع، وأكرم العلماء، وأنشأ بعض المدارس وهي أشبه بالكتاتيب، وبنى عددًا من المساجد.
وقد حصن آل خليفة مدينة الزبارة مركز استقرارهم الجديد. وعملوا في صيد اللؤلؤ والتجارة، وأصبحت التجارة في عهدهم مزدهرة، وجذبت مدينتهم الزبارة عددًا من العاملين في التجارة وصيد اللؤلؤ خاصة من أبناء عمومتهم العتوب، الذين بدأوا يتوافدون إلى الزبارة للإقامة فيها والعمل في البحر والتجارة وغير ذلك من الأْعمال الأخرى خاصة وأن التجارة حرة فلا ضرائب مع البضائع مما أدى إلى نشاط التجارة.