التلوث. بدأت بعض المواد في تلويث البحيرات العظمى منذ بداية القرن العشرين، وبخاصة بحيرة إيري. وتتكون هذه الملوثات من مخلفات صناعية ومياه المجاري والمخلفات الناتجة عن احتراق الوقود التي تحملها الرياح لتلقيها في البحيرات، وذلك بالإضافة إلى الملوّثات الزراعية. ويمكن أن يسبب التلوث أمراضًا للأسماك. وتتراكم العناصر السامة فيها، فتصبح خطرًا على جسم الإنسان. وتسبب التلوّث في إقفال بعض الأماكن أمام السكان. وبناء على ذلك فقد وقعّت الولايات المتحدة وكندا عام 1972م اتفاقية للحفاظ على نوعية مياه البحيرات العظمى. وبموجب هذه الاتفاقية تمت إقامة محطات التنقية، وأصبح طرح المخلفات الصناعية إلى البحيرات، يخضع لمراقبة صارمة، فساعد هذا على بقاء مياه البحيرات غير ملوّثة إلى حدٍّ كبير. ورغم ذلك، ماتزال مياه البحيرات تحتوي على عناصر كيميائية سامة، عدّها بعض العلماء خطرة على صحة الإنسان.