وتؤدي الأمراض الفيروسّية إلى إضعاف أشجار البرتقال أو قتلها بخاصةٍ المرض الفيروسي المهلك تريستيزا. لكنَّ المزارعين يكافحون تلك الأمراض بانتقاء الأشجار الخالية من الفيروسات من المشاتل، أو بزراعة الأشجار التي تستطيع تحّمل الإصابة بالفيروسات أو مقاومتها. وتسبب بعض الأمراض الفطريّة مثل العفن الأسود والتبقُّع الزّيتيّ تلفًا كبيرًا في أشجار البرتقال. فالعفن الأسود يسبّب بقعا صغيرة بارزة على الأغصان والأوراق والثّمار، ويسّبب التبقّع الزّيتي ظهور بقع زيتيّة المظهر على الأوراق. ويكافح المزارعون الأمراض الفطريّة برش الأشجار بالمبيدات الفطرية.
جمع ثمار البرتقال المراد بيعه طازجًا يتم بقطف الثمار الناضجة من الأشجار باليد. يجمع معظم البرتقال المراد بيعه للتصنيع آليًا.
في أحد مصانع التعبئة، تُفْرز ثمار البرتقال المراد بيعها طازجةً حسب الدّرجة والحجم ثم تتمّ تعبئتها في صناديق وتشحن للأسواق.
الجمع والتّصنيع. تزداد كميّة السكّر والعصير الّتي يحتويها البرتقال مع تقدم نضج الثّمار. ويختلف البرتقال عن معظم الفواكه الأخرى في أنّ نضجه لايستمرُّ بعد جمعه، ولذلك يحصد المزارعون البرتقال حين تحتوي الثّمار على المستويات المطلوبة من العصير والسكّر والحمض.
وإذا تمّ نزع ثمار البرتقال بقوة من الشّجرة، أو تمّ جمعها آليًّا، فإنّها ربّما تتعّرض للخدش أو التلف، خصوصًا عند نقطة تلاقي السّاق مع الثّمرة. ونظرًا لتعرّض الثّمار المخدوشة للأمراض الفطريّة، فإنَّ المزارعين يحرصون على قصّ السّيقان الّتي تحمل الفواكه الطازجة المعدّة للبيع أو يقطفون الثّمار بعناية من الشجرة يدويًا. بعد ذلك تُغسَل الثمار وتجفَّف ثمّ تضاف طبقة شمعيّة خاصّة لتحسين مظهرها ولمنع جفافها وتقليل مخاطر تلفها أثناء الشّحن.