التنفس. تتنفس معظم البرمائيات التي تعيش على اليابسة عن طريق الرئتين، بينما تتنفس الأطوار المكتملة النموّ ـ التي تعيش في المياه، واليرقات عن طريق الخياشيم ـ مثلما تفعل الأسماك تماما. وبالإضافة إلى ذلك تتحصل جميع البرمائيات على الأكسجين عن طريق الجلد، ومن خلال غشاء بطانة الفم والحلق. وبعض أنواع السمندرات الصغيرة الحجم لارئة لها؛ لأنها تتنفس عن طريق الجلد أو الفم.
الجهاز الهضمي. يشتمل الجهاز الهضمي في البرمائيات على الفم، والمريء (أنبوب يؤدي إلى المعدة) ، والمعدة، والأمعاء. ويخلط الغذاء ويُهضم جزئيًا في المعدة، بينما يتم معظم الهضم في الأمعاء الدقيقة. وتحتوي أنسجة كل من المعدة والأمعاء الدقيقة، على غدد عديدة تفرز العصارة الهضمية التي تفتت الغذاء إلى مواد يمكن امتصاصها والاستفادة منها، من قِبَل جسم الحيوان. وتوجد غدتان كبيرتان هما، الكبد والبنكرياس تصبان العصارة الهضمية في الأمعاء الدقيقة. ويتم امتصاص الغذاء المهضوم عبر جدران الأمعاء الدقيقة، ثم تتحرك بعد ذلك بقايا الفضلات إلى الأمعاء الغليظة، ومن ثم إلى المذْرق وهو غرفة تُفتح خارج الجسم، تمر خلالها الفضلات والبيض والنطاف (خلايا الجنس الذكرية) إلى الخارج.
أعضاء الحس. لمعظم الضفادع والعلاجيم والسمندرات نظر قوي يساعدها على الإمساك بالحشرات، بينما عيون البرمائيات السحلية صغيرة، أو غير موجودة، لأن حاجتها إلى العيون قليلة، بسبب عيشها في مخابئها تحت الأرض. وتمتلك البرمائيات التي تعيش في المياه جهاز خط جانبي وهو مجموعة من الأعضاء الحسَّاسة على طول جوانب الجسم. ويساعد هذا الجهاز الحيوان على تحسّس الحركة في المياه المجاورة.
وبإمكان كل من الضفادع والعلاجيم سماع الأصوات من مسافة بعيدة،على العكس من السمندرات. وتمتلك الضفادع والعلاجيم أصواتًا متطورة جدًا وذات أهمية، وبخاصة، للنداء من أجل التزاوج، بينما لا تصدر معظم السمندرات أية أصوات.