وفي العصور الوسطى حدث تجاهل تام لفكرة الذرات. وقد نتج هذا التجاهل بسبب رفض أرسطو، وهو أحد فلاسفة الإغريق، لهذه الفكرة حيث سادت فيه نظرياته مجالات الفلسفة والعلم في العصور الوسطى. لكن فكرة كون الذرات هي وحدات البناء الأساسية لكل المواد عاشت وانتعشت في القرنين السادس عشر والسابع عشر الميلاديين نتيجة لاعتناق مؤسسي العلم الحديث، أمثال فرانسيس بيكون وإسحق نيوتن من إنجلترا، وكذلك جاليليو من إيطاليا، لها. ولكنهم لم يضيفوا شيئًا يُذكر إلى النظرية الذرية التي وصفها ديموقريطس.
نماذج الذرة خلال القرن العشرين اقترح علماء الفيزياء نماذج متباينة لتكوين الذرة. وتبين الأشكال البيانية أدناه أهم ثلاثة من النماذج الأولى بالإضافة إلى النموذج الحديث.
نموذج طومسون اقترحه عالم الفيزياء البريطاني جوزيف جون طومسون في 1904م. ويبين إلكترونات مغموسة في كرة موجبة الشحنة- كانغماس البذور في قلب بطيخة.
نموذج رذرفورد وفيه يتركز وزن الذرة في نواة موجبة الشحنة محاطة بإلكترونات. وقد اقترح عالم الفيزياء البريطاني إرنست رذرفورد هذا النموذج في 1911م.
نموذج بور اقترحه عالم الفيزياء الدانماركي نيلز بور في 1913م. وقد بين بور أن الإلكترونات تدور في مدارات ثابتة حول النواة.
نموذج سحابة الإلكترونات تم قبوله حديثًا وهو يبين المناطق التي يمكن أن توجد بها الإلكترونات داخل الذرة. وتوجد الإلكترونات حيث تكون السحابة أكثر سوادًا.