تستخدم السفن الطائرة التي تخترق سطح المياه منطقة السطح الخارجي للرقائق للثبات والتحكم، فعندما تكون السفينة في حالة انطلاق فإن الأجزاء العلوية للرقائق تبرز من الماء، وتحدِّد سرعة السفينة مسافة ارتفاع الجسم عن الماء، فكلما ازدادت سرعة السفينة تناقصت وانخفضت مساحة الرقائق المطلوبة لرفع الجسم عن مستوى الماء، وبذلك فإن الجزء العلوي للفراشات يرتفع عن الماء. وعند انخفاض السرعة تكون هناك حاجة لمساحة أكبر لرفع السفينة، فتغوص الرقائق في الماء بعمق أكبر.
السفن الطائرة المغمورة كليًا في المياه تُستخدم غالبًا في المحيطات وفي مناطق أخرى، حيث احتمال مواجهة مياه هائجة جدًا. تبقى فراشات هذه السفن مغمورة تمامًا في الماء عندما تكون السفينة مبحرة، ويمكن الحفاظ على توازنها بوساطة تغيير زاوية الفراشات للإبقاء على تدفق الماء منها بمعدل ثابت، وتسمى هذه الزاوية بزاوية الهبوب. تتغيَّر زاوية السفن الطائرة المغمورة عن طريق نظام آلي لحفظ التوازن، وقد تكون هذه الأنظمة إما كهربائية أو آلية.
تستخدم أنظمة حفظ التوازن الكهربائية أجهزة إحساس لالتقاط التغيُّرات في حجم الأمواج وتوصيلها إلى الحاسوب الذي يقوم بدوره بإرسال إشارات إلى أجهزة وآلات حفظ التوازن بالسفينة؛ وذلك لتعديل زاوية الانطلاق. وتقوم بعض السفن بإجراء هذه التعديلات باستخدام أجنحة صغيرة موجودة في الفراشات، وبعضها الآخر يحتوي على مضخات هوائية تصنع فجوة هوائية حول الفراشات.
السفن الطائرة الغاطسة في المياه الضحلة وسيلة مألوفة للنقل في روسيا؛ وقد طور العلماء الروس هذه السفن في الأربعينيات من القرن العشرين الميلادي، وبدأ الاستخدام التجاري المنتظم لهذه السفن عام 1957م.