تعد خصوصية الفحوص الجينية، من المسائل الاجتماعية التي تثير قلق العديد من العلماء وصانعي السياسات. فهم يخشون أن ترفض شركات التأمين منح حق التأمين الصحي لبعض الأفراد الأصحاء الذين تظهر نتائج الفحوص الخاصة بهم وجود احتمال كبير أو يقين، فيما يتعلق بإصابتهم بأمراض مستقبلية. وقد طبقت بعض الولايات الأمريكية قوانين تمنع التمييز على أساس نتائج الفحص الجيني، في مجال التأمين الصحي.
كما يثير الفحص الجيني أيضًا مخاوف من أن تستخدم النتائج لأغراض يجدها معظم الناس غير مقبولة، مثل أغراض علم تحسين النسل. وعلم تحسين النسل هو الممارسة التي تتم بموجبها محاولة التحكم في التزاوج البشري، لتشجيع صفات"مرغوبة"أو منع أخرى"غير مرغوبة".
يحث الخبراء الطبيون على عدم إجراء الفحوص الجينية مطلقًا دون الحصول على موافقة مستنيرة من قبل المريض. والموافقة المستنيرة تعني أن اخصائيي الصحة قد أوضحوا للمريض بجلاء المخاطر والفوائد الناتجة عن هذه الفحوصات، وأن المريض وافق على الإجراء.