تميزّ عهد أكينو بإجازة الدستور، وبمحاربة الفساد، ولكنها كانت محاطة بالمشاكل، مثل انتفاضة المسلمين، ومعارضة العناصر اليمينية، ومحاولات الانقلاب المتعددة، ثم الكوارث الطبيعية من براكين وفيضانات، وكانت حاجتها للمال شديدة لمواجهة تلك المشاكل التي أثّرت سلبًا على حكمها. وفي مايو 1992م، انتخب فيدل راموس رئيسًا للبلاد. كان راموس قد عمل ضمن حكومة ماركوس ولكنه ساعد أكينو في الإطاحة به ثم عمل وزيرًا للدفاع في حكومتها. وفي عام 1994م، عمل راموس على تعزيز مكانته السياسية فشكل حكومة إئتلافية خاض بها الانتخابات في العام التالي، وحصل على 75% من أصوات الناخبين. وفي 2 سبتمبر 1996م، وقع الرئيس راموس اتفاقية سلام مع نور ميسواري زعيم جبهة تحرير المورو الإسلامية بعد 24 عامًا من حرب أهلية أسفرت عن مصرع 120 ألف نسمة. ويفتح هذا الاتفاق الطريق أمام إنشاء دولة مسلمة مستقلة في جنوب الفليبين. وفي عام 1998م، انتخب جوزيف إسترادا رئيسًا للبلاد. وفي أكتوبر 2000م، واجه إسترادا دعوات يومية من عدة جهات تطالب باستقالته والتحقيق معه بعد أن اتهمه البعض بتلقي رشى بلغت ملايين الدولارات من نقابات قمار غير قانونية. وقد أصرت نائبة الرئيس جلوريا ماكاباجال على استقالة إسترادا لتفادي أزمة اقتصادية تضر بالبلاد. وفي يناير 2001م، استقال إسترادا وأصبحت جلوريا رئيسة للبلاد. وفي أبريل 2001م، تم اعتقال إسترادا بعد اتهامه باختلاس 80 مليون دولار إبان فترة حكمه، وقد رفض أنصاره تهم الفساد الموجهة لإسترادا.