وفي أواخر عام 1979م وأوائل 1980م غزا الاتحاد السوفييتي السابق أفغانستان، وانضم مئات الألوف من الباشتونيين إلى المجاهدين الأفغان في حرب عصابات لمقاتلة السوفييت، ونزح بعض السكان إلى الباكستان. اضطرت القوات السوفييتية إلى الانسحاب من أفغانستان بين عامي 1988 و 1989م، وعاد كثير من الباشتونيين إلى أفغانستان في مطلع تسعينيات القرن العشرين الميلادي.
سيطر الباشتونيون على حركة طالبان التي استولت على معظم الأراضي الأفغانية بما فيها كابول العاصمة في سبتمبر 1996م. وطالبان تنظيم سياسي تكون في بدايته من طلاب المدارس الدينية تلخصت أهم مبادئه في المحافظة على التعاليم الإسلامية كما يراها التنظيم. استطاعت الولايات المتحدة تساندها قوات المعارضة الأفغانية القضاء على حركة طالبان من خلال حرب قصيرة بدأت في السابع من أكتوبر 2001م.
انظر أيضًا: أفغانستان؛ باكستان.