وتجدر الإشارة هنا إلى أن جذور الحماية البريطانية في البحرين يمتد إلى أبعد من عام 1297هـ، 1880م، العام الذي وقعت فيه بريطانيا مع البحرين معاهدة عام 1297هـ، 1880م، إذ بدأ التدخل البريطاني الفعلي في البحرين عام 1236هـ، 1820م حينما عقدوا مع شيخ البحرين سلمان بن أحمد آل خليفة اتفاقية لمنع القرصنة في الخليج عامة والبحرين خاصة. وأرغم الإنجليز الشيخ عبدالله بن أحمد بن محمد رفض مبدأ خضوع البحرين للسيادة العثمانية ممثلة بسيادة محمد علي باشا الذي فكر في السيطرة على البحرين بعد نجاحه في القضاء على الدولة السعودية الأولى عام 1234هـ، 1818م. ووقعت بريطانيا مع الشيخ محمد بن خليفة معاهدة اتفق بموجبها أن تعمل البحرين وبريطانيا معًا على منع الاتجار بالرقيق ومحاربة أعمال القرصنة، وعرض الخلافات القائمة بينه وبين جيرانه على الحكومة البريطانية التي تعهدت بحمايته مقابل ذلك. واعترف أيضًا بحق المقيم السياسي البريطاني في الخليج بمحاكمة الرعايا البريطانيين المقيمين في البحرين. وتدخل الإنجليز في حل الخلاف الذي نشب بين شيخ البحرين وقطر عام 1284هـ، 1867م. وهي التي خلعت الشيخ محمد بن خليفة بعد النزاع البحريني القطري، ونصبت الشيخ عيسى بعدما شعرت الحكومة البريطانية أن الوجود العثماني في الخليج أصبح كبيرًا وواسعًا في أعقاب حملة مدحت باشا على الأحساء، وتركيز النفوذ العثماني فيها، وشعرت بريطانيا أيضًا أن الدولة العثمانية تحاول جادة توسيع دائرة نفوذها السياسي في مناطق الخليج العربي بعد أن احتلت قطر عقب احتلالها منطقة الأحساء من الدولة السعودية الثانية.