سنوات الانحطاط. ظلت البرتغال متمسكة بإمبراطوريتها حتى القرن العشرين، وعلى أي حال فإن القطر تراجع كقوة اقتصادية وقوة عالمية في وقت مبكر.
وبمراجعة تاريخ الإمبراطورية منذ القرن السادس عشر يتبين أنه كانت هناك علامات على أن البرتغال اتسعت أكبر من حجمها. واكتشفت الدولة الصغيرة أنها تملك سفنًا قليلة، ومستوطنين، وجنودًا، وبحارة أقل مما يتيح لها إدارة الإمبراطورية الشاسعة الأطراف وتأمين الحماية لها.
في خلال القرن السابع عشر، بدأت الدول الأوروبية المنافسة، بما في ذلك إنجلترا، وهولندا، وفرنسا، تسيطر على أجزاء من الإمبراطورية.
شاركت السياسات الداخلية ونتائج محاكم التفتيش في عوامل انحطاط البرتغال. واكتسب ملوكها قوة كبيرة، وحكموا الناس حكمًا قاسيًا. وكانت محاكم التفتيش محاولة من قبل الكنيسة الرومانية الكاثوليكية لإنهاء الإلحاد (الهرطقة) ، وبالإضافة إلى ذلك ألحقت أضرارًا جسيمة بالتطور الثقافي والاقتصادي للبلاد.
الفتح الأسباني. احتلت أسبانيا البرتغال عام 1580م، وحكمت القطر ستين عامًا. في عام 1640م قاد جون دوق براجانزا عصيانًا أخرج فيه الأسبان واستعاد استقلال البرتغال. أصبح جون أول ملك من عائلة براجانزا، آخر سلالات ملوك البرتغال. أخذ جون هذا لقب جون الرابع.
نهضة محدودة. دخلت البرتغال فترة انتعاش اقتصادي في حوالي سنة 1660م؛ إذ أضافت ثروات من مستعمراتها في البرازيل مثل الذهب والماس، والحاصلات الزراعية إضافة كبيرة إلى اقتصاد القطر. كما ساعدتها المعاهدة التجارية، مع إنجلترا في عام 1703م، والمسماة معاهدة ميثيون التي ضمنت استقرارًا تجاريًا عاد بالنفع على البلدين.