البكتيريا الضارة. تسبب بعض أنواع البكتيريا الأمراض للبشر. وتشمل هذه الأمراض الكوليرا والسيلان والجذام والالتهاب الرئوي والزُهري والدرن الرئوي وحُمَّى التيفوئيد والسعال الديكي. وتدخل البكتيريا إلى الجسم عن طريق الفتحات الطبيعية، مثل فتحة الأنف أو الفم، أو عبر شقوق في الجلد. وإضافة لذلك يحمل الهواء والطعام والماء، البكتيريا من شخص إلى آخر. وتمنع البكتيريا الضارة الجسم من أداء وظيفته كما ينبغي عن طريق تحطيم الخلايا السليمة.
ُتنتِج بعض أنواع البكتيريا ذيفانات (سمومًا) تسبب أمراضًا مثل الديفتيريا والحمى القرمزية والكزاز. تُنْتَج بعض الذيفانات من بكتيريا حية، وتفْرَز بعض الذيفانات الأخرى بعد موت البكتيريا فقط. وتسبب ذيفانات البكتيريا نوعًا من أنواع التسمم الغذائي يسمى التسمم الوشيقي في الأطعمة المعلبة بطريقة غير جيدة.
ويمكن أن تسبب البكتيريا المتعايشة في جسم الإنسان المرض عندما تقل مقاومة الإنسان للمرض. فمثلًا، إذا كان تكاثر البكتيريا في الحلق أسرع من قدرة الجسم على التخلص منها، فمن المحتمل أن يصاب الشخص بالتهاب في الحلق.
كما تسبب البكتيريا أمراضًا في بعض الحيوانات والنباتات الأخرى. فالجمرة مرض بكتيري يصيب العديد من الحيوانات وبصفة خاصة الضأن. وتشمل أمراض النبات التي تسببها البكتيريا آفة اللفحة النارية، التي تصيب أشجار التفاح والكمثرى، والتعفن البكتيري، الذي يسبب تلف بعض الفواكه والخضراوات. تسبب البكتيريا أيضًا نموًا يسمَّى الورم التاجي، يصيب نباتات مختلفة.