وفي أواسط العقد الثامن من القرن السابع عشر، شاهد أنطون ليفنهوك، وهو عالم هولندي غير محترف، البكتيريا لأول مرة. واعتقد العلماء، لعدة سنوات، أن البكتيريا نشأت من مادة غير حية. ولكن في أواخر القرن التاسع عشر، أثبت الكيميائي الفرنسي لويس باستير، أن الكائنات الحية فقط هي التي يمكنها أن تُنتج كائنات حية أخرى. وأنتج باستير اللقاحات الأولى وأظهر أن البكتيريا تسبب التخمر. واكتشف روبرت كوخ، وهو طبيب ألماني معاصر لباستير، أن بكتيريا معينة تسبب أمراضًا مُحدَّدة. كما طوّر أيضًا الأساليب التقنية لفصل وإنماء مستنبتات نقية للبكتيريا.