وتركت ولدها ألوغ بك هذا، وأرادت بذلك أن يستمر حكمها في هراة. فلما بلغ ألوغ بك المذكور ذلك، جمع العساكر وتوجه إلى هراة؛ لقتال بن أخية باي سنقر علاء الدولة، فتوجه إلى هراة واستولى عليها، وفر منها علاء الدولة وجدته كهرشاه المذكورة، ووقع لهم حوادث إلى أن عاد إلى سمرقند مؤيدًا منصورًا، بعد أن أخذ غالب خزائن والده شاه رخ، واستمر بسمرقند، حتى خرج عن طاعته ولده عبد اللطيف.
وسببه أن عبد اللطيف المذكور لما ملك والده ألوغ بك هذا هراة، طمع أن يوليه هراة، فلم يفعل وولاه بلخ ولم يعطه من مال جده شاه رخ شيئًا. وكان ألوغ بك هذا مع فضله وغزير علمه مسيكًا، فسأمته أمراؤه لذلك، وكاتبوا عبد اللطيف في الخروج عن طاعة أبيه ألوغ بك، وكان هو أيضًا في نفسه ذلك ويخاف يظهره، فانتهز الفرصة، وخرج عن الطاعة، وبلغ أباه الخبر، فتجرد لقتاله، والتقى معه، وفي ظنه أن عبد اللطيف لا يثبت لقتاله. فلما التقى الفريقان وتقاتلا، هرب جماعة من أمراء ألوغ بك إلى ابنه عبد اللطيف، فانكسر ألوغ بك وهرب على وجهه، وملك عبد اللطيف سمرقند، وجلس على كرسي والده أشهرًا. ثم بدا لألوغ بك العود إلى سمرقند، ويكون الملك لولده، ويكون هو كآحاد الناس، واستأذن ولده لذلك، فأذن له، ودخل ألوغ بك سمرقند، وأقام بها إلى أن قبض عبد اللطيف على أخيه عبد العزيز