تغطي الغابات المدارية الكثيفة معظم الفلبين. وقد تسببت إزالة الغابات في بعض المناطق في تعرية التربة. تشتمل الفلبين على نباتات وحيوانات طبيعية متنوعة. فتنمو في الغابات أشجار تين البنغال والنخيل. كما ينمو في الجزر الخيزران يضاف إلى ذلك نحو 9,000 نوع من النباتات المزهرة.
تشمل الحيوانات البرية التي تعيش في الفلبين التماسيح، والقردة، والأفاعي، وأنواعًا مختلفة من الطيور المدارية، كما تشمل الترسير، وهو قرد صغير ذو عيون كعيون البوم، يعيش فقط في الفلبين والهند الشرقية. والحيوان المنزلي الرئيسي في الفلبين هو الجاموس الهندي، وهو نوع من الجاموس المائي، يستخدمه المزارعون للحراثة والنقل، وحيوان التمارو (الجاموس الفلبيني) ، الذي يعيش فقط في جزيرة مندورو.
الجزر الرئيسية. تمتد الجزر الفلبينية نحو 1,850كم من الشمال إلى الجنوب، ونحو 1,100كم من الشرق إلى الغرب. أكبر الجزر هي لوزون في الشمال ومينداناو في الجنوب. تتألف جزر الفلبين من ثلاث مجموعات، المجموعة الشمالية، تشمل جزيرتين كبيرتين هما لوزون ومندورو. أما المجموعة الوسطى المعروفة باسم جزر فيزايان أو فيزاياس، فتتألف من نحو 7,000 جزيرة. الجزر الرئيسية في هذه المجموعة هي سمر، نغروس، بلوان، باناي، ليت، سيبو، بوهول وماسبيت. وتتألف المجموعة الجنوبية من جزيرة مينداناو وأرخبيل سولو الذي يضم نحو 400 جزيرة، تمتد جنوبًا وغربًا باتجاه جزيرة بورنيو.
مدرجات الأرز المروية بمنطقة باناوي تحظى بشهرة عالمية. ولقد شيد شعب كوردييرا الوسطى في لوزون الشمالية هذه المدرجات وقاموا بزراعة سفوح هذه الجبال منذ مئات السنين.
وفي الجزء التالي وصف لأكبر 11 جزيرة في الفلبين متسلسلة حسب كبر حجمها: