عرفت الفلبين الإسلام أول ماعرفته عن طريق التجار الصينيين المسلمين. وعن طريق بعض الدعاة القادمين من سومطرة مثل الداعية راجا باغندا الذي جاء إلى منطقة سولو في عام 1390م داعيًا إلى الإسلام ووجد استجابة واسعة. وأعقبه داعية آخر ثم ثالث يُدعى أبوبكر من يالمبانغ، وتزوج ابنة راجا باغندا. ولما توفي راجا باغندا صار أبوبكر سلطانًا، وأسس سلطانه على النظام الإسلامي العربي. أما مينداناو فقد أدخل فيها الإسلام الداعية الإسلامي الشريف كابونغسوان. وقبل مجيء الأسبان كان الإسلام قد انتشر في مانيلا وغيرها، وأصبحت مانيلا نفسها دارًا إسلامية، وكان سليمان، حاكم مانيلا، ذا نسب يربطه بسلطان بورنيو. لكن مجيء الأسبان إلى الفلبين حال دون انتشار الإسلام في الجُزُر الأخرى.
الحقبة الأسبانية
الجنرال أميليو أجينالدو