وتعتبر أمراض الحساسية مثل الربو وحمى القش والشَّري أكثر أنواع أمراض المناعة شيوعًا. وتحدث الحساسية عندما يصبح الجهاز المناعي حساسًا بدرجة غير عادية لإحدى المواد الغريبة. وتحدث عند أناس كثيرين حساسية ضد غبار الطلع أو غبار المنازل أو شعر الحيوانات أو الأغذية المختلفة. وعندما يتعرض المصاب بالحساسية لهذه المواد، فإن الجهاز المناعي يحدث به رد فعل. وتتراوح ردود أفعال الحساسية بين حدوث رشح في الأنف وتهيج في العينين عند ضحايا حمى القش، وبين حدوث ردود أفعال قاتلة عند الأشخاص الذين لهم حساسية ضد البنسلين وغيره من الأدوية. انظر: الحساسية.
وتتضمن بعض الأمراض الخطيرة ردود أفعال منيعة الذات. ويحدث رد فعل منيع الذات عندما يهاجم جهاز المناعة أنسجة الشخص نفسه. ففي أحد أمراض المناعة، الذي يسمى مرض الذأب الحمامي المجموعي، يهاجم جهاز المناعة الجلد والمفاصل، وفي الحالات الخطيرة يهاجم الكليتين والجهاز العصبي. ويعتقد بعض الأطباء أن التهاب المفاصل الرثياني والتصلب المتعدد، وهو من أمراض الجهاز العصبي، يتضمنان أيضًا ردود فعل منيعة الذات.
ويولد بعض الأطفال بقصور في الجهاز المناعي. ويعاني هؤلاء من العدوى المتكررة والخطيرة، وقد لا يعيشون أكثر من بضع سنوات إذا لم يتلقوا أدوية معينة أو علاجًا جراحيًا أو زرعًا لنقي العظم.