وقد استُخْدِم التخمُّر في صناعة الخمور مُنذ عهد بعيد. قام سكان وادي نهر النيل بتخمير البيرة حوالي عام 3000 قبل الميلاد. ومع ذلك ظلت حقيقة التخمر مجهولة حتى العِقْد الأول من القرن التاسع عشر الميلادي، عندما توصل العلماء وخاصة العالم الفرنسي لويس باستير، إلى اكتشاف كيف تُحدِثْ الميكروبات التخمر في البيرة والحليب والنبيذ.
وخلال القرن العشرين طُوِّرَت أنواع أخرى من التخمر. ونتج عن تخمر أحد أنواع البكتيريا مُكوِّناتٌ للمواد المتفجرة خلال الحرب العالمية الأولى (1914- 1918م) . ومنذ عام 1943م كان أهم تطبيق عملي للتخمر، هو استخدامه في إنتاج المضادات الحيوية (الأدوية القاتلة للمرض) وخاصة البنسلين. واستُخْدِم التخمير أيضًا في أدوية معينة أخرى، وفي الفيتامينات وفي بعض أنواع الكيميائيات.
انظر أيضًا: الكحولية؛ الإنزيم؛ باستير، لويس؛ الخمر.