يبدأ التلاميذ تعليمهم الثانوي في سن الثالثة عشرة لمدة أربع سنوات، يدرسون خلال السنتين الأوليين مقررات عامة، ويتخصصون خلال السنتين الأخيرتين. وحتى عام 1989م كان التلاميذ يدرسون باللغة الإنجليزية، ثم بعد ذلك أصبح التدريس باللغة الفلبينية ماعدا الرياضيات والعلوم.
وبالرغم من حرص الفلبينيين على تعليم أبنائهم إلا أن نسبة عالية من تلاميذ المرحلة الثانوية يفشلون في إكمال المرحلة. وتدل الإحصاءات على أن حوالي 67% فقط من التلاميذ الذين يلتحقون بالمرحلة الابتدائية في سن السابعة يكملون مقرارات تلك المرحلة.
في سن السابعة عشرة ينتقل التلاميذ الذين يكملون المرحلة الثانوية إلى الكليات ذات السنوات الأربع. ومعظم طلاب الكليات يدرسون التجارة وإدارة الأعمال في المؤسسات الأهلية والدينية. وتعد جامعة سانت توماس في مانيلا أقدم الجامعات الفلبينية. وفي الفلبين اثنتان وخمسون جامعة أكبرها جامعة التقنية في مانيلا.