تشمل الحجج ضد التعريفة الجمركية الاعتقاد بأنها تؤدي إلى: 1- ارتفاع الأسعار 2- عدم الكفاءة الصناعية 3- الدعم غير العادل لبعض الصناعات. والتعريفة الجمركية قد تُخفض التجارة، ويعتقد العديد من الاقتصاديين أنها تخفض أيضًا مستوى المعيشة للدول التي تتبادل التجارة.
ارتفاع الأسعار. يعتقد أناس كثيرون أن التعريفة الجمركية تبدد قوة البلاد ومواردها الطبيعية ولذا فإنها تؤدي إلى ارتفاع الأسعار. ولا شك أن القطر يخسر ماله لو حاول أن ينتج كل ما يحتاج، ولذا ينبغي عليه أن ينتج أساسًا أفضل ما عنده من حيث الجودة والاقتصاد، فإذا كان لدى البلد مصانع ممتازة وأراضٍ زراعية فقيرة، مثلًا فإنه يجب أن يصدر المصنوعات وأن يستورد معظم غذائه. إن مثل هذه الدولة، إذا حاولت أن توسع قطاعها الزراعي عن طريق فرض تعريفة جمركية على المواد الغذائية المستوردة، فإن أهلها سيدفعون أسعارًا أعلى للغذاء. ولذلك فإن أناسًا كثيرين من دعاة ضرورة توفير حماية معينة يرون من الأفضل تقديم مساعدة مباشرة للشعب عن طريق الدعم بدلًا من التعريفة الجمركية، لأن الدعم على عكس التعريفة لا يرفع الأسعار للمستهلك.
عدم الكفاءة الصناعية. ربما تشجع التعريفة الجمركية عدم الكفاءة لحمايتها الصناعات من التنافس، إذ بدون المنافسة لا تحتاج الصناعة إلى أن تكون أكثر كفاءة. وإذا كانت سياسة الدولة في التعريفة الجمركية تُشجع عدم الكفاءة، فإن صناعاتها سوف تفقد كفاءتها الاقتصادية أمام البلدان الأكثر كفاءة. ويعتقد بعض الاقتصاديين أن التعريفة الجمركية في حد ذاتها لا يمكن أن تصنع أو تحافظ على رخاء الأمة عن طريق حماية صناعات ليس لها كفاءة.