تنازل الحزب الشيوعي في سنة 1990م عن انفراده بالسلطة في يوغوسلافيا، فبدأت تتكون أحزاب سياسية في البلاد. وفي تلك السنة عقدت البوسنة والهرسك انتخابات حرة لأول مرة، وفازت الأحزاب غير الشيوعية بمعظم المقاعد في المجلس التشريعي. وانتخب علي عزت بيجوفيتش، وهو رجل مسلم، رئيسًا للبلاد.
في يونيو 1991م بدأت يوغوسلافيا في الانقسام على نفسها بعد أن أعلنت كل من كرواتيا وسلوفينيا استقلالهما. وما لبث أن عُقد استفتاء عام في فبراير ومارس من عام 1992م على الاستقلال في البوسنة والهرسك. وكان الغرض من هذا الاستفتاء أن يقرر السكان ما يريدون لمستقبل بلادهم. فقاطع معظم الصرب هذا الاستفتاء. بيد أن أغلبية سكان الجمهورية من كروات وبوسنيين صوتوا لصالح الاستقلال وعندها أعلنت البوسنة والهرسك الاستقلال.
عارض عدد كبير من الصرب الذين يعيشون في البوسنة والهرسك إعلان الاستقلال. وبدأ الصرب الذين كان يساندهم الجيش اليوغوسلافي القومي حربًا ضد كل من لم يكن صربيًا. واستولوا على ما يقرب من ثلثي أراضي البوسنة والهرسك خلال شهرين. وسعى الصرب إلى إخراج كل من لم يكن صربيًا من الأراضي البوسنية التي ادعوها لأنفسهم. وأُطلق على تلك السياسة التي انتهجوها سياسة التطهير العرقي.