لما علم الخليفة بما أصاب محمودًا وجيشه خرج بجيش آخر قوامه خمسون ألف مقاتل سوداني إلى خارج أم درمان لملاقاة الجيش الغازي البالغ عدده حوالي خمسة وعشرين ألفًا. والتقى الجمعان في سفوح جبال كرري. وفي يوم الجمعة 2 سبتمبر 1898م تصادمت القوات البريطانية والمصرية بجيش السودانيين تحت قيادة الخليفة عبدالله، وانتصر الغزاة، ورحل الخليفة عبدالله بمن بقي معه من قواده ورجاله وهو يحدث نفسه عن جولة ثانية. وفي غرب السودان حدثت معركة أم دبيكرات، وخسرها الخليفة وأصحابه فافترش هو ومن بقي معه حيًا من كبار قادته وأمرائه فراء صلاتهم، واستقبلوا الموت برباطة جأش حين حُمَّ القضاء. وأطلق عليهم جنود الجيش الغازي رصاص مدافعهم وأجهزوا عليهم، فقتُلوا جميعًا في 24 من نوفمبر 1899م.
كان الخليفة يؤمن بالمهدية، وبأن الوقت قد حان لكي يتحد العالم الإسلامي بكافة أقطاره، ويقيم دولة إسلامية موحدة على غرار الدولة الإسلامية الأولى.