في حالات عديدة، يصبح من الضروري تقليم (تشذيب) وتوجيه نمو أغصان أشجار الفاكهة الصغيرة وتشذيبها حتى تنمو الشجرة في شكل منتظم وقوي. وقد يشتمل التوجيه على دعم الساق أو ربط الأغصان، أو قد يتكون بشكل كلي من التقليم. يقوي التقليم النبات بتخليصه من الأغصان غير المنتجة. ولابد من تقليم كل نباتات الفاكهة مرة واحدة في السنة على الأقل تقريبًا. بالإضافة إلى ذلك يقوم معظم المزارعين بإزالة بعض المحصول من الأشجار، خلال المراحل المبكرة من نمو الثمار. وتسمى تلك العملية الخف، وهي تساعد في كِبَرِ حجم الثمار المتبقية.
حاصدة الكرز الآلية تهز شجرة الكرز لِفصْل الثمار. تسقط ثمار الكرز على قطع قماش مشدودة تنقلها إلى سير ناقل يحولها بدوره إلى خزان ماء مالح. تطفو الثمار على الماء وبذلك تتفادى احتمالات الخدش.
يستخدم أغلب مزارعي الفاكهة المبيدات الكيميائية لحماية محاصيلهم من الأمراض والآفات الحشرية. ويتم رش أو تعفير معظم تلك المبيدات على المحاصيل بوساطة آلات تجرها الجرارات، أو عن طريق الطائرات الخفيفة المجهزة بطريقة خاصة أو المروحيات. كما طور علماء وراثة النبات أيضًا أنواعًا من نباتات الفاكهة المقاومة لبعض الأمراض والحشرات الضارة.
ويؤدي حدوث الصقيع المفاجئ إلى أضرار جسيمة بمحاصيل الفاكهة في المناطق المعتدلة والمناطق شبه المدارية. ويستخدم المزارعون الماء الذي توزعه الرشاشات لحماية محاصيل الفاكهة الصغيرة من الصقيع. ويُطلق الماء الحرارة عندما يتجمد. فإذا تم رشه على المحاصيل بشكل مستمر، فإنه يحمي الأزهار الغضة والثمار النامية من التجمد. ويستخدم المزارعون السخانات لحماية محاصيل الأشجار من صقيع الربيع.