يمكن تخزين الفاكهة لفترات مختلفة من الوقت تحت ظروف محكمة، ولابد من تخزين فواكه المناطق المعتدلة تحت درجات حرارة تقترب من درجة التجمد. ويمكن الاحتفاظ ببعض أصناف التفاح طازجة لمدة سنة تقريبًا تحت ظروف تماثل تلك الظروف. ومن الناحية الأخرى، تبقى معظم الفواكه الصغيرة طازجة لأيام أو أسابيع قليلة فقط تحت التخزين البارد. ويمكن تخزين الفواكه المدارية أو شبه المدارية لأسابيع أو أشهر قليلة تحت ظروف التحكم في درجات الحرارة. فدرجات الحرارة على الرغم من برودتها، لابد أن تكون فوق درجة التجمد. وتعمل كمية الأكسجين الموجودة بشكل طبيعي في الهواء على فساد الفاكهة. ولذلك يمكن إطالة مدة التخزين لكل الفواكه بخفض كمية الأكسجين في المخازن.
يُشحَن كثير من الفاكهة مباشرة من المزارع إلى مصانع حفظ الأطعمة التي تقوم بحفظ الفاكهة بطرق مثل: التعليب والتجفيف والتجميد. انظر: الأطعمة المجمدة؛ حفظ الأغذية.
تطوير أصناف جديدة من الفاكهة
قد تظهر أحيانًا بعض الصفات المختلفة على نبات معين، فمثلًا قد تنتج إحدى أشجار الفاكهة ثمارًا ذات لون مختلف عن اللون الطبيعي، ومثل هذه الصفة يطلق عليها طفرة. وقد استخدم المزارعون هذه الطفرات لتطوير وتربية كثير من الأنواع الجديدة المزروعة من الفواكه. فقد كانت أشجار التفاح من صنف ديليشَسْ في الأساس تنتج فقط ثمارًا ذات لون باهت مخطط. ثم بدأت بعض الفروع حمل ثمار ذات لون أحمر خالص، فتمكن المزارعون من تطعيم تلك الفروع على أصول مناسبة من إنتاج أصناف التفاح ديليشس ذات الألوان الجذابة، الموجودة حاليًا.