أنشأت عام 1896 وفي سنة 844 هـ/1440 م قام الأمير جوهر القنقبائي خازندارا الملك الأشرف برسباي ببناء المدرسة الجوهرية عند الركن الشرقي مع الجامع ودفن بها عندما توفي.

وعلى الرغم من ضغر حجم المدرسة إلا أنها تختوي كل عمارة المدرسة من إيوانات بوسطها صحن مغطى بالرخام ويكسو الإيوانات رخام دقيق ملون.

وفي سنة 873 هـ/1468 م قام السلطان قايتباي بعمارة للجامع فهدم الباب القديم وجدده كما بني مئذنة على يمين المدخل ثم بنيت مئذنة الغوري ذات الرأس المزدوج بالقرب من الزاوية الغربية للصحن.

وفي سنة 1167 هـ/1753 م وفي العصر العثماني قام عبد الرحمن كتخدا بعدة إضافات أهمها إضافة 4 بلاطات برواق القبلة خلف المحراب القديم أرضيتها أعلى من أرضية المسجد كما زودها بمحراب ومنبر وقبة أمام المحراب كما بني لنفسه ضريحا أمامه سبيل عند الركن الجنوبي وفتح بالقرب منه باب الصعايدة وبني جنوب الباب مئذنة كما بني باب يسمى باب الشورية في الجانب الشرقي البحري وأقام بجواره مئذنة كما قام بتجديد المدرسة الطيبرسية كما بني الباب الغربي الرئيسي للأزهر وبه دخلت المدرستين الطيبرسية الأقبغاوية إلى الأزهر أما واجهة المسجد الحالية ومدخلها الذي يسمى باب المزينين فيعود إلى عهد الخديوي عباس حلمي الثاني 1315 هـ/1898 م [1] .

وتبلغ مساحة المسجد الحالية 12 ألف متر مربع وبه 8 أبواب , 380 عمود , 29 رواقا , 13 محرابا , بالإضافة إلى محاريب المدارس الملحقة به , 5 مآذن متنوعة , 3 قباب أجملها هي أصغرها قبة المدرسة الجوهرية [2] وقد وصف الرحالة القيسي جامع الأزهر بقوله:"وأعظم من هذا المسجد أي (جامع ابن طولون) جامع الأزهر المشرق الأنوار الشهير الذكي في الحواضر والأمصار لا مسجد يعدله في قطر ولا نظير له في مصر لا يغلق له باب ولا تجد سارية من سواريه خالية من معلم مفيد أو متعلم مستفيد أساطين بلاطات الداخلية من رخام منقوش سماوي اللون وسقفه من ساج أخضر وفيه من المصابيح عدد لا يحصى [3] ".

(1) - حسن عبد الوهاب: تاريخ المساجد الأثرية ج 1 ص 47: 63 , حسن باشا: المدخل ص 113: 114 , موسوعة الشروق ج 1 ص 123 , 211 , كمال سامح: العمارة الإسلامية في مصر ص 24: 26

(2) - موسوعة الشروق ج 1 ص 209: 212

(3) - محمد محمد الكحلاوي: آثار مصر في كتابات الرحالة المغاربة والأندلسيين ص 85.