ومن المخطوطات رحلة الشيح محمد بشير البرتلي من بلاد توات إلى الحرمين وصف فيها الصحارى والبلاد في القرن الثاني عشر للهجرة وقطعة منقولة بالفوتوغرافيا من كشف البيان عن وصف الحيوان، وهو موسوعات ألفها فتح الله السكندري الذي كان في أيام السلطان الأشرف برسباي وهو عبارة عن ستين جزءًا موجودة بخط المؤلف في المكتبة السليمانية وفي مكتبة طوبقبو بالآستانة. وفي هذه القطعة معلومات وافية غريبة عن المؤلف والمهم ذكر قائمة الكتب التي نقل عنها وهي تربو عَلَى الثلاثة آلاف كتاب. من المخطوطات من عيون التواريخ لابن شاكر جزآن (ومنه عدة أجزاء في المكتبة الظاهرية بدمشق وكتاب ما يعول عليه في المضاف والمضاف إليه وأرجوزة الصفدي في جميع من حكموا دمشق الشام عَلَى عصره ورسالة أخرى في ذات الموضوع عَلَى ترتيب حروف الهجاء وفي المكتبة الأحمدية في حلب) ومن المنقول بالفوتوغرافيا سير أعلام النبلاء للذهب أصله في أربعة عشر جزءًا ضخمة وكان موجودًا في القاهرة وفيها فقد الجزء الأول والثاني ثم انتقلت النسخة كما قال زكي باشا في جملة ما انتقل من كتب مصر إلى القسطنطينية وهناك ضاع الجزء الأخير فبقي من الكتاب ثلاثة عشر جزءًا. ومن المخطوطات كتاب الداني في حروف المعاني لبدر الدين ابن أم القاسم ومنها التحفة الوردية للعلامة عبد القادر البغدادي وهو كتاب مفيد جدًا بالأدب وحسبنا في التعريف به نسبته لمؤلفه. وألطف ما فيه ما كتبه المؤلف بخطه في آخره:
قابلها مؤلفها وصحح ما تيسر منها فإن كاتبها لا يكاد يكتب كلمة صحيحة لا بارك الله فيه فإنه أتعبني في تصحيحها من غير نسخة فإن الأصل كان عنده ليكتب منه ستكتب هذه النسخة كان مسافرًا نفع الله بها من كتبت لأجله وهو الوزير الجليل والصدر النبيل عبده باشا الشهير بنشانجي باشا لطف الله به في الدارين آمين. قاله بفمه وكتبه بقلمه الفقير إلى الله تعالى محبه عبد القادر البغدادي لطف الله به وبأسلافه وبجميع المسلمين. وتم ذلك في الليلة الرابعة عشرة من شهر رمضان من شهور سنة 1087. وحسبنا الله ونعم الوكيل وصلى الله عَلَى عبده وخليله محمد وآله وصحبه وسلم إلى يوم الدين. .
وأهم المخطوطات في هذه المكتبة مجموعة كاملة للمؤلفات العربية الخاصة بالكتابات السرية المعروفة الآن بالشفرة وكيفيتها عند العرب واستخراجها. قال صاحب هذه الخزانة