يأت في القرآن الكريم ولا في الحديث الشريف
جاء في القرآن الكريم: (وقولهم إنا قتلنا المسيح عيسى بن مريم رسول الله وما قتلوه وما صلبوه ولكن شّبه لهم وان الذين اختلفوا فيه لفي شك منه، ما لهم به من علم إلا أتباع الظن وما قتلوه يقينا) وهذا معناه عدم اتفاق وجهة نظر المسلمين مع المسيحيين في دعوى صلب المسيح. وذهب صاحبنا مذهب المغالطة والجدل الصوري فعمد إلى التفسير وإلى الآية التالية مدعيا بأن في (ولكن شبه لهم) غموضا تفسره الآية التي بعدها (بل رفعه الله إليه وكان الله عزيزًا حكيما) وفي هذه الآية على زعمه من الاعتراف بصحة الصلب والصليب ما لا يخفى.
ثم يقول: (وتدّعون أيضًا بأن الذبح، أي ذبح إبراهيم لإسحاق، إنما كان في مكة، ومكة بلد غير ذي زرع، وهذا موضع لا ينطبق عليه ما جاء في التوراة، وهو كتاب الله، إذا فمكة ليست بذلك المكان) . ومن الأبحاث الأخرى التي تعرض لها هذا القديس مبحث تعدد الزوجات، وبعد أن ذكر نص الآية التي حددت عدد الزوجات، وبعد أن ترجمها ترجمة حرفية بحث في الطلاق، وانتقل إلى زواج النبي بزينب وتطليق زيد لها، ثم تحدث عن (التجحيش) بعد الطلاق الثالث وعن قوله تعالى (نساؤكم حرث لكم فأتوا حرثكم أَّني شئتم وقدّموا لأنفسكم واتقوا الله واعلموا أنكم ملاقوه وبشر المؤمنين)
وبحث في قضية عويصة، هي قضية حرية الإرادة والجبر والاختيار (مشكلة القدر) ، وكانت قضية القدر من أهم المشاكل التي تعرض لها العصر الأموي لما كان لها من ارتباط بالوضع العام والسياسة فضلا عن الدين.
قسّم يوحنا العالم إلى فريقين: فريق دان بعقيدة (الجبر) والضرورة وهو فريق المسلمين، وفريق دان بحرية الإرادة أو بالقول (بالاستطاعة) وهو فريق المسيحيين. وبعد أن ذكر أن المسلمين قاطبة كانوا يدينون بعقيدة (القدر خيره وشره من الله) . وذلك على عكس مدلول الكلمة والمعنى الذي خصصت به فيما بعد. قال: (إنهم إذا بقولهم هذا ينسبون الشر والقبيح إلى الله) . ولماذا؟. يجيب على هذا الاعتراض بهذه الصورة. (هل يمكن أن يكون الله هو العلة والسبب والفاعل لكل شيء حتى المكروه؟ يقول المسيحيون لا، لأن الله لا يمكن أن يكون خالقًا للقبيح أو الشر - إذ يكون حينئذ ظالمًا ومن المحال أن ينسب الظلم إلى الله. إن