المكتبة تحتوي على الكثير من المخطوطات الأصلية والمصورة، والجزء الأهم والأكبر منها مكتبة مدير مدرسة دار العلوم العليا السابق السيد/ محمد بن علي بن لطف الشامي … (رحمه الله) .

ومجمل ما تمكنت من فهرسته من المخطوطات الأصلية والمصورة هي (22) مجلدًا منها سبعة مجلدات في أصول الدين، وتسعة مجلدات في الفقه وأصوله، ومجلد واحد في التأريخ، ومثله في النحو ومثله في الحديث وعلومه، وثلاثة مجلدات مجاميع تحتوي على إحدى عشر عنوانًا.

من أقدم المخطوطات المصورة فيها: كتاب مآثر الأبرار لمحمد بن علي الزحيف المتوفى بعد سنة 916هـ، وتأريخ نسخه سنة 1055هـ، وكذلك السفر الثاني من كتاب الحاوي للإمام يحيى بن حمزة المتوفى سنة 749هـ، وتأريخ نسخ الكتاب سنة 710هـ.