رابعًا: أهم المخطوطات من حيث الندرة

1-كتاب (لآلئ التفسير الوافية المحيطة بمعاني القرآن الشافية) [الجزء الثاني] ، تأليف محمد بن حمزة بن مظفر، المتوفى سنة 796هـ.

2- (مجموع الإجازات والأسانيد) . انظره برقم 29 في المحتويات.

3- (عمدة الأمة في الأئمة) ، تأليف محمد بن عبد الله الريمي المشهدي، المتوفى سنة 791هـ.

4- (بيان الأوامر المجملة في وجوب طاعة أو لي الأمر وفرض المسألة) ، للمرتضى بن المفضل، المتوفى سنة 732هـ.

5- (نهاية العقول الكاشفة لمعاني الجمل والأصول) ، تأليف يحيى بن منصور بن العفيف بن المفضل، من أعلام القرن السابع الهجري.

6- (جمل الإسلام وأصول دين محمد عليه السلام) ، لعل المؤلف محمد بن المرتضى بن المفضل.

7- (الزيادات في أصول الدين) .

8- (التعليق على الكيفية) ، تأليف قاسم بن أحمد بن حميد المحلي، من أعلام القرن الثامن لهجري.

9-الجزء الثالث من كتاب (المحجة البيضاء في أصول الدين) ، تأليف القاضي عبد الله بن زيد العنسي، المتوفى سنة 667هـ.

10- (سيرة الإمام المنصور علي بن محمد بن الناصر) ، تأليف يحيى بن قاسم العلوي، المتوفى بعد سنة 815هـ، وهي بقلم المؤلف.

11- (التأريخ المظفري) [الجزء الثاني عشر] ، وهو بخط نسخي ممتاز.

12- (مصباح المحجة الدال على أن إجماع آل النبي حجة) لعبد الله بن زيد العنسي، المتوفى سنة 667هـ، خطَّ سنة 72هـ.

13- (المناظرة بين المشرقي الاثني عشري مع المغربي الشيعي) ، تأليف أحمد بن أبي الحسن الكني.

14- (التابعة والأدلة القاطعة في أصول الدين) ، تأليف القاضي جعفر بن أحمد بن عبد السلام، المتوفى سنة 576هـ.

15- (درة الإيضاح الكاشف لمعاني المصباح) ، تأليف محمد بن أسعد بن عطية، من أعلام القرن الثامن الهجري.

16- (زهرة الخزام في سيرة الإمام المهدي لدين الله محمد بن الإمام المطهر) .

17- (الرسالة الهادمة لأساس الدعوة الظالمة) ، تأليف يحيى بن القاسم بن يحيى الحمزي، خطّت سنة 900هـ، بقلم عبد الله بن يحيى الناظري.

18-كتاب (ما تفرد به الهادي والقاسم) ، لأبي العباس الحسني أحمد بن إبراهيم، المتوفى سنة 353هـ.

19-كتاب (ياقوتة الإيمان وواسطة البرهان) ، في أصول الدين، تأليف أبي الفضل العباس بن روين.

20- (تنبيه الغافلين) ، تأليف زيد بن الحسن الخراساني، من أعلام القرن السادس الهجري.

وغيرها.

أما التي لم نتمكن من التعرف عليها بسبب فقدان بعض الأوراق من أولها فكثيرة.