أكثر المخاطر التي تتعرض لها المكتبات الخاصة هو تشتتها وتفرقها بعد تقسيمها بين ورثة أصحابها ومؤسسيها بالتدرج من الورثة إلى ورثة الورثة حتى تنعدم المكتبة، وتتوزع أحيانًا على أفراد بعدد مجلداتها، وأحيانًا لا يبقى عند الوارث الواحد أو الوارثة إلا بعض مجلدات، وقد يقسم الكتاب الكبير أحيانًا إلى أجزاء، فتجد المجلد الأول منه عند وارث، والمجلد الثاني عند آخر قد تصرَّف فيه أو باعه أو أضاعه، وهنالك أمثلة كثيرة لمكتبات ذهبت مع ريح القسمة، وتشتت وتشرذمت، هذه مكتبة السيد محمد بن عباس الوجيه كنت أسمع أن محتوياتها أكثر من (400) مجلد مخطوط، تفرقت بين الورثة بعد أن فرقتها الأحداث والمحن وحوادث السرقة والاستعارات، ولم أعثر منها إلاَّ على قرابة أربعين مخطوطًا في حوزة وارثين اثنين، ومكتبة السيد علي حمود شرف الدين في كوكبان كانت أكثر من ألف مخطوط تفرقت بين الورثة ومنهم أسرة السيد حمود بن محمد شرف الدين الذي تجد في هذا الكتاب فهارس بعضها، وقس على ذلك.