تشتمل المكتبة على عدد وافر من نوادر المخطوطات الهامة ومن نفائسها، تظهر أهميتها من عدة أمور، منها: ندرة المخطوط وعدم توفره في مكتبات أخرى، قلة النسخ الموجودة منه، أو كون المخطوط بخط المؤلف أو وجود خطوط مشاهير العلماء وقراءتهم عليه، أو من حيث قدم الخط وتأريخه، أو جودة الخط إلى غير ذلك ، وفي هذه المكتبة الهامة نجد الكثير من نوادر المخطوطات الهامة في كل ناحية مما ذكرت، وهو ما يستدعي الاهتمام بها والتعاون المادي مع صاحبها لإنقاذها، ومن نوادر المخطوطات ما يلي: