تأسست المكتبة منذ بناء الجامع، وأوقفت على طلاب العلم، وحوت الكثير من كتب خزانة الإمام القاسم بن محمد و أولاده وأحفاده، ومع مرور الأيام وقف لها الكثير من الكتب، لكنها تعرضت للضياع والنهب في أكثر من فترة من فترات الفوضى، حتى أن مصحف الإمام القاسم بن محمد وبعض أخشاب تابوته أعيدت من المخا بعد أن كان قد تعرض للسرقة، واليوم وبعد فهرسة محتويات المكتبة سرق الجامع و مصحف الإمام القاسم بن محمد و حوالي ثلاثين مخطوطة مما احتواه الفهرس.

طريقة تكوين المكتبة: الوقف- الوصايا- الاستنساخ- الشراء .

عدد المخطوطات: قرابة 120 مجلدًا غير المصاحف وقبل تعرضها للسرقة.

تأريخ انتماء المخطوطات: بعضها يعود إلى القرن السابع والثامن والتاسع والعاشر والحادي عشر الهجري، والأغلب يرجع تأريخه إلى القرن التاسع والعاشر والحادي عشر.

تصنيف المجموعات: التفسير وعلوم القرآن -الأصولين- الفقه- المواريث-الحديث -التأريخ والتراجم -الأدب والبلاغة- المنطق.

طريقة الاستفادة منها: في الماضي كان هنالك نظام للإعارة بضمان لطلاب العلوم الشرعية في الجامع، ولأنه بعد ضياع الكثير من الكتب لم يعد الأمر كما كان، وقد نقلت المكتبة إلى مكان خاص في أحد منازل القائمين على الجامع خوفاَ من ضياع وسرقة بقيتها.