تحتوي المكتبة على (38) مجلدًا مخطوطًا كما ذكرنا يمكن تصنيفها كما يلي:

1-المجاميع (10) مجلدات تحتوي على (38) عنوانًا في مواضيع شتى.

2-الفقه (11) مجلدًا.

3-أصول الدين (4) مجلدات.

4-تفسير القرآن وعلومه (3) مجلدات.

5-الحديث (3) مجلدات.

6-تصوف وأدعية (3) مجلدات.

7-مواريث (2) مجلدان.

8-مجلد واحد نحو، ومجلد واحد شعر.

من أقدم المخطوطات من حيث النسخ الجزء الثالث من كتاب شفاء الأوام في أحاديث الأحكام للأمير الحسين بن بدر الدين المتوفى سنة 662هـ، وتأريخ نسخه سنة 756هـ ، وكذلك مجلدان من كتاب التهذيب في التفسير للحاكم الجشمي المتوفى سنة 494هـ، وتأريخ نسخهما للمجلدين يرجع إلى القرن السادس أو السابع الهجري.

من أهم المخطوطات من حيث الخط (ديوان المتنبي) وهو بخط فارسي جميل.