قام أبو بكر بأمر الإسلام بعد رسول الله صلى الله عليه وسلم، وواجهته أحداث جسام في ارتداد جمهرة العرب، فجهز الجيوش وسيرها لحروب المرتدين، وكانت غزوة أهل اليمامة سنة اثنتي عشرة للهجرة تضم عددا كبيرا من الصحابة القُرَّاء. فاستشهد في هذه الغزوة سبعون قارئا من الصحابة، فهال ذلك عمر بن الخطاب رضي الله عنه، ودخل على أبي بكر رضي الله عنه وأشار عليه بجمع القرآن وكتابته خشية الضياع، فإن القتل قد استحر يوم اليمامة بالقراء ـ ويخشى إن استحر بهم في المواطن الأخرى أن يضيع القرآن ويُنْسى، فنفر أبو بكر من هذه المقالة، وكبر عليه أن يفعل ما لم يفعله رسول الله صلى الله عليه وسلم، وظل عمر يراوده حتى شرح الله صدر أبي بكر لهذا الأمر، ثم أرسل إلى زيد بن ثابت أحد كتاب الوحي لمكانته في القراءة والكتابة والفهم والعقل، وشهوده العرضة الأخيرة، وقص عليه قول عمر، فنفر زيد من ذلك كما نفر أبو بكر من قبل، وتراجعا حتى طابت نفس زيد للكتابة، وبدأ زيد بن ثابت في مهمته الشاقة في جمع القرآن معتمدا على المحفوظ في صدور القراء، والمكتوب لدى الكتبة، وبقيت تلك الصحف التي جمعها عند أبي بكر، حتى إذا توفي سنة ثلاث عشرة للهجرة صارت بعده إلى عمر، وظلت عنده حتى مات، ثم كانت عند حفصة ابنته صدرا من ولاية عثمان حتى طلبها عثمان من حفصة.

عن زيد بن ثابت قال: أرسل إليّ أبو بكر مقتل أهل اليمامة، فإذا عمر بن الخطاب عنده، فقال أبو بكر:"إن عمر أتاني فقال: إن القتل قد استحر يوم اليمامة بقراء القرآن، وإني أخشى أن يستحر القتل بالقراء في المواطن فيذهب كثير من القرآن، وإني أريد أن تأمر بجمع القرآن، فقلت لعمر: كيف تفعل شيئا لم يفعله رسول الله صلى الله عليه وسلم؟ قال عمر: هو والله خير، فلم يزل يراجعني حتى شرح الله صدري لذلك، ورأيت في ذلك الذي رأى عمر. قال زيد: قال أبو بكر: إنك شاب عاقل لا نتهمك، وقد كنت تكتب الوحي لرسول الله صلى الله عليه وسلم، فتتبع القرآن فاجمعه، فوالله لو كلفوني نقل جبل من الجبال ما كان أثقل مما أمرني به من جمع القرآن، قلت: كيف تفعلان شيئا لم يفعله رسول الله صلى الله عليه وسلم؟ قال: هو والله خير، فلم يزل أبو بكر يراجعني حتى شرح الله صدري للذي شرح الله صدر أبي بكر وعمر، فتتبعت القرآن أجمعه من العسب واللخاف وصدور الرجال، ووجدت آخر سورة التوبة مع أبي خزيمة الأنصاري، لم أجدها مع غيره (لَقَدْ جَاءكُمْ رَسُولٌ مِّنْ أَنفُسِكُمْ) ... (التوبة: 128) . حتى توفاه الله، ثم عند عمر حياته، ثم عند حفصة بنت عمر".

وقد راعى زيد بن ثابت نهاية التثبت، فكان لا يكتفي بالحفظ دون الكتابة، وقوله في الحديث:"ووجدت آخر سورة التوبة مع أبي خزيمة الأنصاري لم أجدها مع غيره". لا ينافي هذا، ولا يعني أنها ليست متواترة، وإنما المراد أنه لم يجدها مكتوبة عند غيره، وكان زيد يحفظها، وكان كثير من الصحابة يحفظونها كذلك، لأن زيدا كان يعتمد على الحفظ والكتابة معا، فكانت هذه الآية محفوظة عند كثير منهم، ويشهدون بأنها كتبت، ولكنها لم توجد مكتوبة إلا عند أبي خزيمة الأنصاري.

وقد عرفنا أن القرآن كان مكتوبا من قبل في عهد النبي صلى الله عليه وسلم، ولكنه كان مفرقا في الرقاع والأكتاف والعسب. فأمر أبو بكر بجمعه في مصحف واحد مرتب الآيات والسور، وأن تكون كتابته غاية من التثبت مشتملة على الأحرف السبعة التي نزل بها القرآن، فكان أبو بكررضي الله عنه أول من جمع القرآن بهذه الصفة في مصحف.