الإسرائيلي الأسبق بنيامين نتنياهو إستدعي هاليفي الذي كان سفيرا لبلاده لدى الإتحاد الأوروبي وأسند إليه مهمة قيادة الموساد، في الوقت الذي كان فيه مختصة بالعمل في الجانب الدبلوماسي بما في ذلك مهمات الإتصال مع دول لا تقيم إسرائيل معها علاقات بصفة رسمية. وأدى دورا محوريا في التوصل"الإتفاقية سلام"مع الأردن في العام 1994. كما أن عهده لم يخل من هزات أمنية كبيرة سبها له جهاز أمن"حزب الله"والتي أدت في النهاية إلى الإنسحاب المهين للجيش الإسرائيلي من الجنوب والبقاع الغربي في أيار 2000. كما مثلت عملية أسر العقيد الموسادي ألحنان تانينجوم في بيروت بعد إستقدامه من بروکسل، فضيحة كبيرة للموساد، إضافة إلى فضيحة إعتقال العقيد النووي إسحق ياکوف، وفشل عملية نسف برلمان المكسيك، واعتقال أفراد الشبكة المالية الإقتصادية اللبنانية في بيروت: .. إنتهت خدمته في آب 2002، ليصبح رئيسا لمجلس الأمن القومي التابع للحكومة الإسرائيلية، وحل مكانه في رئاسة جهاز الموساد الميجر جنرال مائير داغان.