عمله الديبلوماسي في 1990. منذ 1971 حتى 1973 أصبح الضابط المسؤول في مجلس الأمن القومي عن ساحة الحرب في فيتنام تحت إدارة هنري كيسنجر. في 1987 عاد أثناء إدارة بوش الأب إلى مجلس الأمن القومي وعمل تحت مسؤولية كولن باول كنائب مساعد للرئيس في شؤون الأمن القومي. بعد ذلك بسنتين عاد إلى أميركا اللاتينية وأصبح سفيرة في المكسيك منذ عام 1989 حتى عام 1993 حيث أشرف فيها على نشاطات"السي آي إي"وما كانت تقدمه من مساعدة لدولة المكسيك ضد الثوار المكسيكيين المعروفين برجال (زاباتسيستا) . ومنذ عام 1981 عمل سفيرا في هندوراس وذاع صيته هناك في السكوت على خروقات حقوق الإنسان التي كانت تقوم بها سلطات هندوراس. وخلال خمس سنوات خدمها في هندوراس كان نيغروبونت يقدم المساعدة للسلطات الديكتاتورية وممارساتها الوحشية ضد المعارضين والثوار، وساهم في تدعيم السلطة الديكتاتورية على الشعب وتصفية الكثير من المعارضين جسدية.

والجدير بالذكر أن نيغروبونت كان قد حل سفيرة هناك بدلا من سفير سابق هو جاك بينس الذي حذر إدارة ريغان من أخطار دعم سياسة التصفية التي تقوم بها سلطات هندوراس وطالب بالضغط لوقفها، لكن ريغان أقاله ووضع بدلا منه نيغروبونت.