وتبين أن واشنطن كانت تقدم مئات الملايين من الدولارات للسلطة العسكرية من أجل قمع المعارضة اليسارية، وظهر في تقارير وزارة الخارجية أن السفير نيغروبونت كان يثني على قائد الجيش (ألفاريز) وتصرفاته السليمة، وهو المعروف بقيادته لوحدات (319) التي كانت تنفذ عمليات القتل والتعذيب. وفي العام 1996 أرادت إدارة کلينتون الإستفادة من خبرات نيغروبونت فأرسلته الى بناما کرئيس للوفد الأميركي حول القواعد العسكرية فيها.

لكن مركز الأبحاث البانامي المختص بحقوق الإنسان إعترض على نيغروبونت لأن ماضيه حافل بالإساءة لحقوق الإنسان، وكان على إطلاع بدور السي آي إي في أحداث هندوراس وممارسات القتل والتعذيب. وفي العام 1997 ذكر مراسل لصحيفة صن في إجتماع لمركز السياسة الدولية أن نيغروبونت صاحب دور مركزي في ممارسات خلق

حقوق الإنسان في هندوراس وكان مطلعا على كل شيء يجري أثناء وجوده سفيرة فيها. ولهذا السبب قالت السيدة وايلدمان المحررة في صحيفة"نيو ريبوبليك": ليس لدي نيغروبونت أي إحساس أخلاقي التعيينه مندوبا في الأمم المتحدة.