بصورة سرية، وقد رفض القائد الأول للإستخبارات العسكرية الإسرائيلية الإقتراح الذي عرضه عليه القاضي بتعيين محام له وفضل الدفاع عن نفسه بنفسه ... وأدين إيسر بئيري بارتكاب جريمة القتل، وطرد من منصبه كرئيس لخدمات الإستخبارات العسكرية. وبعد ذلك بشهر، أي في كانون الثاني عام 1949، وبعد أن قدمت نتائج التحقيق المتعلقة بموضوع الوثائق المزيفة التي قدمها بالنسبة لقضية"أبو حوشي"، طلب من إيسر بئري مغادرة الجيش الإسرائيلي وسحبت منه رتبته العسكرية وهي رتبة"مقدم". أما الضربة النهائية فقد تلقاها في شهر تشرين الأول 1949 عندما اعتقل وقدم للمحاكمة بسبب قضية طوبيانسكي، فقد حكم عليه بالسجن الرمزي ليوم واحد

فقط.

لقد هزت قضية إيسر بئيري الجيش الإسرائيلي، والحكومة الإسرائيلية، والرأي العام اليهودي كله، باعتبار أنه لم يكن هناك أي شخص يشك في إخلاص بئيري"للدولة"... وعلى ما يبدو، أن إيسر هارئيل، كان له دوره"الخفي"في إبعاد بئيري عن المسرح، مثلما كان له دوره أيضا في إبعاد خلفه روبين شيلواح من بعده (4) ، وعندما كان لا بد من الإستمرار في تنظيم الإستخبارات وتقويتها، فقد خلف حاييم هرتسوغ هذا الجهاز بعد إستبعاد إيسر بئيري عنه واعتقاله.