المانوية في اسيا الوسطى (تركستان ومنغوليا) ، ورفضوا تبعيتهم لكنيسة (بابل) وكونوا كنيستهم القومية. ثم اعقب ذلك انشقاق الكنيسة المانوية في بلاد فارس، وذلك بتكوين فرع قومي مستقل عن بابل، حمل اسم (المزدكية) ، نسبة الى مؤسسها (مزدك) الفارسي. يبدو أن هذه الطائفة ابتعدت عن المانوية بالاقتراب أكثر ناحية (الزرادشتية) ، مع ميول ثورية واشتراكية. ربما لهذا السبب خلط معظم المؤرخين المسلمين والعرب بين المانوية (العراقية) والمزدكية (الايرانية) ، علمًا أن طائفة (المزدكية) ، أثناء نفوذها في الدولة الايرانية، قامت باضطهادات ومذابح معروفة ضد المسيحية والمانوية في بلاد الرافدين، مما أدى إلى هجرة الكثير من المسيحيين والمانويين العراقيين إلى بلاد تركستان (الصغد) وتكوين جاليات مانوية مسيحية نسطورية نشطت بنشر الثقافة السريانية البابلية.

إإن الهروب المستمر للمانوية من العراق والمشرق، وخصوصًا أثناء اضطهادات الفترة العباسية أدى إلى تزايدهم في أواسط اسيا التركية المنغولية. في عام 745 كون الأتراك دولتهم (الأوغرية) على حدود الصين في منغوليا الشمالية. كان أحد ملوكهم يسمى (بوقي خان) اعتنق المانوية وجعلها الدين الرسمي للدولة. من خلالها وصلت المانوية إلى الصين فشيدت المعابد المانوية إلى جانب المعابد البوذية، حتى وصلت إلى روسيا وسيبريا. لكن نهاية الدولة التركية الأوغرية عام 817 على يد القرغيز أدى الى نهاية المانوية في آسيا. ويُعتقد أنها استمرت في تركستان الصينية حتى القرن الثالث عشر، ومع اجتياح المغول بقيادة جنكيز خان تم القضاء التام على المانوية. لكن الأثر الكبير الذي تركه هذا الدين في شعوب آسيا يتمثل في تبنيهم للأبجدية المانوية (السريانية) في كتاباتهم الأوغرية التركية، بالإضافة إلى تأثيرات ثقافية ودينية لا تحصى.

كانت القبائل السامية (العربية) النازحة قبل الاسلام، تندمج طبيعيًا مع أهل الرافدين وتتبنى الأديان السائدة، مثل اليهودية والصابئية والمسيحية والمانوية. يذكر أن عمر بن عدي ملك الحيرة العربي كان من أنصار المانوية وحماتها المعروفين. يتحدث المؤرخ الإسلامي (ابن قتيبة) عن وجود المانوية في مكة قبل الاسلام: ? وكانت الزندقة في قريش أخذوها من الحيرة ?.علمًا أن تسمية (زنديق) قد شاعت في الفترة الإسلامية بمعنى (المانوي) .لقد اقتبس العرب هذه التسمية من الفرس، الذين كانوا منذ قرون يطلقونها على المانوية بمعنى (المنحرفين عن الدين) ، وهناك من يعتقد أنها ربما كانت مشتقة من (صديق) السريانية وتعني رجل الدين المانوي (للمزيد من التفاصيل عن