وفي آذار 1979 حصلت إنتفاضة ضد النظام في مقاطعة"هرات"، وقتل عدد من المستشارين السوفيات الذين ارسلوا لقمع الإنتفاضة. ولاحظت المخابرات السوفياتية أن هذه الإنتفاضة مدعومة من جهات خارجية (حددها جون کولي بإيران) . زادت هذه التطورات من قلق موسكو، سيما وأن"حفيظ الله أمين"كان قد عين رئيسا للحكومة في كابول. وقرر الكرملين مراقبة حفيظ الله أمين عن كثب، وعين لهذا الغرض في العاصمة الأفغانية دبلوماسية محتك هو"فاسيلي سافرو نتشوك"، ما لبث أن عزز الشكوك السوفياتية حول حفيظ الله أمين. بعد إنتفاضة"هرات"تجمعت شكوك ومؤشرات تفيد أن ال"سي آي إي"وإيران وباكستان كانوا يحتون بعض القبائل وقادقا الاسلاميين في أفغانستان على التحرك لدرجة أن نظام طاراقي - أمين شعر بالخطر وطلب من موسكو إرسال قوة عسكرية محدودة بهدف حماية بعض المواقع الاستراتيجية. غير أن موسكو رفضت لأن هذا التدخل المحدود كان سيفر بمثابة اعتراف هشاشة"الثورة الأفغانية".

وفي صيف 1979، تمكن"زبيغنيو بريجنسكي"، المستشار الشؤون الأمن القومي في البيت الأبيض وأحد أكثر المسؤولين الأميركيين عداء للإتحاد السوفياني، من إقناع الرئيس جيمي كارتر