وأخوه هو الشيخ المجاهد محمد بن محمد ربيع الظواهري، أبو أيمن المصري -فك الله أسره- ولد في عام 1953م، وتخرج من كلية الهندسة في 1974م، وكان في هذا الوقت عضوًا في جماعة الجهاد، واتهم في قضية الجهاد الكبرى عام 1984م، وسافر عدة مرات لأفغانستان للمشاركة في الجهاد، وعبر عمله في هيئة الإغاثة الإسلامية زار بلادا عديدة في العالم الإسلامي، وتعرف على واقع المسلمين في كثيرٍ من بلدانهم، وحاولت حكومة آل سعود القبض عليه في عام 1993م، ومن الله عليه بالخروج من المملكة سالما، وظل في جهادٍ وهجرةٍ وعملٍ دؤوبٍ، حكم عليه بسببه بالإعدام في قضية العائدين من ألبانيا، إلى أن ألقي القبض عليه في الإمارات، وظل في مخابراتها قرابة خمسة أشهر، والتي سلمته بأوامر أمريكا لمصر - مشاركة منها لأمريكا في حربها على الإسلام بعد - حادثتي نيروبي ودار السلام، وأخفت الحكومة المصرية نبأ تسلمه قرابة خمس سنواتٍ، كان فيها في غياهب سجون المخابرات المصرية، كان معزولًا فيها عزلةً تامةً، ثم سلمته المخابرات إلى الجهاز اللعين جهاز أمن الدولة المصري ليظل فيه قرابة ستة أشهر، ثم أظهروا أمره وأودعوه أحد السجون شديدة الحراسة، ولما ظهرت تنازلات كاتب وثيقة الترشيد تصدى لها بقوةٍ، ولا زال ثابتًا على الحق -بفضل الله- رغم حكم الإعدام الصادر ضده، ومع الضغوط الشديدة والمساومات الكثيرة المستمرة للموافقة على وثيقة الترشيد والتي باءت بالفشل والحمد لله كما باءت محاولة سابقة لتقديم التماس لرئيس الجمهورية لتخفيف حكم الإعدام.

فأبى الكريم مباهج الدنيا وطلق أمرها ... ورأى السجون معاقل الأحرار رغم قيودها ...

وأصر أن يعلي ندأ الحق في جنباتها

نسأل الله لنا ولجميع أسرى المسلمين الفرج القريب والثبات على الحق.

وأخوه الأصغر المهندس حسين الظواهري -حفظه الله- مهندس تخطيط مدن، اعتقل عقب اغتيال السادات عام 1981م، وظل في السجن عامين بتهمة الانتماء إلى تنظيم الجهاد وهي ما عرفت بقضية الانتماء.

وأخته الصغرى الأستاذ الدكتور هبة الظواهري -حفظها الله- أستاذ علاج الأورام بالمعهد القومي للأورام، جامعة القاهرة.