فلما وصلوا للموصل قامة قائمة الموصليين لأن الذين أمر بنفيهم من أعلام العراق الكبار ، وأن في الموصل عدد كبير من العلماء وطلبة العلم السلفيين ، فطلبوا من السلطان الصفح .. فصدر العفو عنهم وعادوا بعد أن مكثوا شهرين في الموصل .. وعادوا منصورين ، فقام الشيخ عبداللطيف بن ثنيان في صحيفته الرقيب بالانتصار للشيخ والرد على تلك الوشايات والافتراءات وصدر مقالًا (الحمد لله عاد الحق لأهله)

ولما هاجم الإنجليز العراق عام 1333هـ سعى الآلوسي طالبًا النجدة من بعض الأمراء العرب لكنهم لم يستجيبوا لطلبه فعاد إلى بغداد ، واستمر بالتدريس والتأليف حتى سقطت بغداد بيد الإنجليز ، فعرضوا عليه القضاء فرفض وامتنع عن مخالطتهم ، ورفض جميع المناصب من الإفتاء والمشيخة وكل خدمة غير خدمة العلم الصحيح ونشره بين أفراد الأمة.

وقبل عضوية مجلس المعارف ، ليتمكن من توسيع نطاق العلم في العراق ، وعضوية المجلس العلمي العربي بدمشق فخريًا ، توفي الإمام سنة 1342هـ.

وقد رثاه العلماء والأدباء والشعراء .. يقول الشاعر العراقي معروف الرصافي:

محمود شكري فقدنا منك حبر هدى *** للمشكلات بحسن الرأي حلالا

قد كنت للعلم في أوطاننا جبلًا *** إذا تقسّم فيها كان أجبالًا

ورثاه تلميذه محمد بهجة الأثري بقصيدة منها:

بغدادُ قد أقفرت من بعد مصرعه *** فقلقل الركبُ عن بغداد أهبالا

هذي المدارس أضحت وهي باكية *** من بعد شيخ بنى الآداب أطلالا

ورثاه ناجي القشطني بقصيدة مطلعها:

لا السجن يبكينا ولا التبعيدُ *** كلا والإرهابُ والتهديد

سنطلُ نهزأ بالخطوبِ تَجلُّدًا *** مهما استمر الضغطُ والتشديدُ

ثم قال:

محمود شكري أنت ناصر ديننا *** لله درُّ أبيك يا محمودُ

أحييت بالتنقيدِ ميتَ عقائد *** ما مسّها فحص ولا تنقيد

ورثي بالعديد من المراثي تجده العديد منها في كتاب (أعلام العراق) للشيخ محمد بهجة الأثري رحمه الله.